信濃町キャンパスでは予防医療センター（仮称）等建設に伴い，保存書庫がある旧厚生女子学院寮および白梅寮が解体されることになった。このため両施設に入れてある資料の移動，廃棄を余儀なくされた。また，図書館設備の廃棄，移動も行った。詳細は以下の通りである。
1　資料
（1）保存書庫
　ア　移動
　レファレンス資料　397段→図書館地下へ（暫くの間は医学部所管倉庫預け）
　古医書，稀覯書，貴重書，博士論文　206段 →白楽サテライトライブラリーへ
　医学部史料　40段→図書館地下倉庫1Bへ
　大鳥文庫　10段→事務長・総務事務室へ
　イ　医学部所管倉庫預け
　16mm映画フィルム　106本
　ウ　除籍・廃棄
　レファレンス資料　425段
　中国語雑誌　22段
　未製本雑誌他　45段
（2）白梅寮
　旧看護短大資料　約20,000冊廃棄
（3）メディアセンター
　ビデオテープ類　630点廃棄
2　視聴覚機器
　24台廃棄
3　備品
　閲覧テーブル5台，低書架1台，キャビネット5台，机2台，ラック5台他廃棄

　平成16年8月に山中資料センターへ40,000冊を移動し書庫満杯まで4年から4年半の余裕をみていたが，今回の保存書庫の撤廃で増減差し引き336段分（約8,400冊分）の余裕がなくなり，書庫が満杯になるまでの期間が更に縮小されたことになる。このままでは過去に実際あったように，配架できなくなった資料を通路の床に置くことになるのは時間の問題である。出来るだけ早い書庫増設または新設が待たれる。
　もう一つの大きな影響は図書館書架増設のために，今年度中あるいは来年度に地下閲覧席（下写真参照）を撤廃することである。この結果，2人掛けキャレル3台は主閲覧室へ移し，閲覧テーブル5台は廃棄することになる。
　今回の移動の結果，建物施設は次のように縮小される。
　建物延床面積 3,002m²→2,890m²　113m²減
　閲覧室面積 304m²→241m²　63m²減
　座席数 168席→139席　29席減
　 書庫床面積 1,022m²→972m²　50m²減
　書架延長 8,199m→6,974m　1,225m減
　2004年度日本医学図書館協会加盟館統計に上記数字をあてはめると，次のように軒並み順位は下がる。
　建物延床面積 118機関中　25位→31位
　閲覧室面積 118機関中　92位→103位
　座席数 119機関中　62位→72位
　書庫床面積 118機関中　27位→30位
　書架延長 115機関中　26位→37位
　資料，費用，サービスに関しては日本医学図書館協会加盟機関の中でも上位の項目が多いが，それと対照的に建物・施設に関しては，今までも低かった順位が更に下がることになる。119機関のうち20以上は研究所など小規模なところで，それを考えると閲覧室の103位は大学図書館として最低レベルといえる。書庫とともに増設，新設が急務である。