日吉保存書庫は慶應義塾大学メディアセンター全体の人文・社会科学系資料（雑誌）の保存書庫と位置付けられているが，日々の管理・運用は日吉メディアセンターが行っている。
　書架はすべて電動式集密書架である。収容している資料は2010年3月末現在，以下の通り。
　（1）日吉メディアセンター（日吉図書館）所蔵の洋雑誌（2000年までに刊行）と洋新聞約34,500冊
　（2）日吉メディアセンター（協生館図書室）所蔵の和雑誌（1984年までに刊行），洋雑誌（1994年までに刊行），政府刊行物・レファレンスブック（古いもの）約6,500冊
　（3）三田メディアセンター所蔵の洋雑誌（1959年までに刊行）約50,000冊
　利用者が資料を直接利用する際の利用方法は身分により2通りがある。
　a. 教職員：直接入庫して利用。書庫内にコピー機，蔵書検索（KOSMOS）用PCを設置してある。
　b. 教職員以外：事前申し込みによる出納利用。出納した資料は原則として日吉図書館内で閲覧できる。
　書庫に職員は常駐していない。入口は常時施錠しており，日吉キャンパスの来往舎または協生館で使われているICカードによって解錠することができる。ただしそのカードのIDをあらかじめ日吉保存書庫の入庫管理システムに登録しておく必要がある。また，日吉図書館メインカウンターでは一時貸出用のICカードを用意しており，ICカードを所持していない教職員に申請に応じて貸し出している。入庫可能時間は日吉図書館の開館時刻から閉館時刻の30分前までである。
　資料を直接利用することのほか，学内他キャンパスや他大学図書館等からの資料複写依頼にも応じている。また，三田メディアセンター所蔵資料に限っては，三田に資料そのもの（現物）を送付するサービスも行っている。
　2009年10月の運用開始から2010年3月末までの6ヶ月間の利用状況は以下の通りである。
　ICカード登録者：5名
　入庫者：48名
　出納利用：23冊
　資料複写受付（学内）：98件
　資料複写受付（学外）：91件
　三田への現物送付：105冊
　日吉キャンパスで資料が利用されることはあまり多くない。資料の複写物や資料そのものを他キャンパス・他大学へ送付することによる利用が大部分である。なお，利用された資料の約7割は三田メディアセンター所蔵資料である。